Les EEAP proposent une prise en charge globale, développant et exploitant les interactions entre les différents champs : vie quotidienne, communication, éducation, soins médicaux, rééducatifs, psychothérapiques et environnement familial. La transdisciplinarité ainsi proposée facilite la structuration de la personne polyhandicapée non pas en dispersant les interventions mais au contraire en les rassemblant et les articulant autour d'un axe unique : le projet individualisé (pédagogique, éducatif et thérapeutique) élaboré par l'équipe en concertation avec le jeune et sa famille.

Les EEAP de l'ARI proposent plusieurs régimes d'accueil : service d'éducation spéciale et de soins à domicile (SESSAD), service de soins et d'aide à domicile (SSAD), semi-internat et internat.